В АО «Национальный центр нейрохирургии» функционируют отдел образования, отдел менеджмента научных исследований и научно-информационный центр имени академика А.Н.Коновалова. Отдел образования осуществляет организацию и координацию деятельности по подготовке современных, высококвалифицированных и конкурентоспособных кадров для системы здравоохранения РК. Отдел менеджмента научных исследований ведет координацию научной деятельности АО «НЦН», поиск новых проектов и направлений, информационно-консультационную поддержку новых и текущих научных работ, изучение современного опыта мировой медицинской науки, внедрение в практику результатов научной деятельности, а также формирование библиотечно-информационных ресурсов. Научно-информационный центр имени А.Н. Коновалова представляет собой современный формат библиотеки. Его задачами являются содействие активизации интеллектуального потенциала медицинских работников и умножению информационных ресурсов, а также формирование качественно новой, адекватной ожиданиям пользователей системы библиотечного обслуживания.